A bioszféra-rezervátumok – így a Mura–Dráva–Duna Bioszféra-rezervátum is – három zónát foglalnak magukban. A rezervátum magterületén a legfontosabb a természeti értékek védelme. Az ezzel szomszédos pufferzónában az emberi jelenlét és tevékenységek olyan kíméletes formái jellemzők, amelyek nem akadályozzák az ökoszisztéma kedvező ökológiai állapotának fenntartását. A legkülső átmeneti zónában emberek élnek és dolgoznak, és fenntartható módon használva a természetes erőforrásokat a táj adottságait kihasználó gazdálkodás is folyik.

A környezetkímélő, fenntartható gazdálkodás éppúgy szerves része a bioszféra-rezervátumnak, mint a kutatás, a turizmus és az oktatás. Ezek együttesen segítik elő a természetvédelmi célok megvalósulását és az ott lakók helyben történő boldogulását. Hozzájárulnak egy olyan egyedi táj fenntartásához, változatos táji elemek, társadalmi-kulturális-ökológiai rendszer megőrzéséhez, amely példaként áll más régiók előtt, és különleges vonzerőt is jelent.