A legnagyobb problémák és kihívások megértéséhez látni kell, hogy milyen folyamatok zajlottak korábban, melyeknek a következményeivel szembesülünk. Az európai vizesélőhelyeknek csupán 40%-a egészséges, Magyarországon pedig a felszíni vizek kevesebb, mint 20 százaléka van jó ökológiai állapotban. A világ 246 leghosszabb folyójának alig egyharmada szabályozatlan – több, mint 60%-uk szabad folyását gátak, vízerőművek vagy víztározók akadályozzák. Mára hazánk folyóinak és természetes árterületeinek több, mint 90 százaléka eltűnt, ami a biológiai sokféleség nagymértékű csökkenését is eredményezte. Mindez olyan emberi tevékenységek eredménye, mint a gátak és víztározók építése, folyókanyarulatok levágása vagy a vizenyős területek lecsapolása és művelésbe vonása. 

Európában nincs olyan 1000 km-nél hosszabb vízfolyás, ami szabályozatlan. Magyarország és a Kárpát-medence folyói között sok olyat találunk, melyeken nincs keresztgát vagy vízerőmű, ennek ellenére mégsem tekinthetjük őket szabad folyásúaknak. A folyószabályozások miatt a 19-20. században nagyon sok mellékágat levágtak a folyókról, több tízezer hektár ártér és nagyon sok holtág került az árvízvédelmi töltéseken kívülre. Ezek a leszűkült árterek is rendkívüli élőhelyeknek és fajoknak nyújtanak otthont, a folyók alatti kavicságyak ivóvízbázist biztosítanak a lakosság számára, és a vízpartok a szabadidő eltöltésére és kikapcsolódásra pótolhatatlan lehetőséget nyújtanak. Ha ezek állapota nem javul a jövőben, vagy tovább romlik, akkor azzal a következménnyel kell szembenézni, hogy folyóink élettelen csatornává alakulnak. 

Címszavakban a folyók mai, leromlott állapota az alábbiak következménye:

• Folyószabályozás: A folyószabályozás során minden folyónak egy állandó medret határoztak meg, és a mellékágakat, holtágakat mesterségesen levágták a folyókról, tehát elzárták a víz útját. Ez kiegészült azzal, hogy árvízvédelmi töltések épültek a vízfolyások mentén, és hatalmas árterületeket választottak el a folyóktól. A kijelölt főmedrek partját kövezéssel vagy más, a partot stabilizáló beavatkozással megerősítették, ennek eredményeképpen pedig a kanyargó vízfolyások egyenes csatornákká váltak.  
• Megváltozott területhasználat és árvízkezelés: A töltések közé szorított folyók nagyon sok területet művelhetővé és beépíthetővé tettek. Ez a folyamat el is kezdődött, de sajnos sok helyen nem vették figyelembe, hogy az adott terület mennyire érzékeny a víz megjelenésére, vagy milyenek a mezőgazdasági, erdőgazdasági adottságai. A folyószabályozások óta nagyon sok körülmény megváltozott, aminek hatására az árhullámok levonulása más, mint évtizedekkel ezelőtt. Az árvízvédelem és a töltések kezelése sokszor azért okoz konfliktust, mert nagyon kicsi terület áll rendelkezésre, és ezeken a területeken az érintettek szempontjai ütköznek. Ezt a folyamatot a folyók és környezetük természeti állapota szempontjából értékelve megállapítható, hogy visszatérő probléma az árhullámok gyors levonulása, és hogy nincs megfelelő hely és lehetőség a vizek megtartására és tározására.  
• Növekvő vízigények kiszolgálása: A folyók leromlott állapotához az is hozzájárul, hogy egyre nő az ipari, mezőgazdasági és lakossági vízigény, és emiatt gyakran az ökológiai állapot rovására használja fel a társadalom a vízkészleteket. Egykor gyakran vízzel borított területek, lápok, vizesélőhelyek manapság évekig teljesen szárazak. A felszíni vízkészleteken kívül a felszín alatti vizek kizsákmányolása is jelentős probléma, ami elsősorban öntözési céllal történik. Mindez – azzal együtt, hogy egyre kevesebb csapadék hullik – azt eredményezte, hogy a felszín alatti vizek szintje 8-10 méterrel csökkent.  
• A folyók állapotát nem kímélő hasznosítások és megújításuk hiánya: A vízparti élőhelyeken sok évtizeden át olyan gazdálkodás zajlott, ami kizsákmányolta a területeket, vagy éppen teljesen elmaradtak az állapotfenntartási munkák, mindkettő a folyók állapotának leromlásához vezetett. Példa erre a folyókból történő ipari mennyiségű kavicskitermelés. Mára egyre több folyószakaszon törekednek a fenntartható és több szempontot szem előtt tartó kezelésre, de a területek állapotának javítását célzó munkák hiányában a folyók és környezetük nem tudnak helyreállni.  

Klímaváltozás: A vizesélőhelyek hanyatló állapotát gyorsítja a klímaváltozás folyamata. Az egyre kevesebb és szélsőségesen eloszló csapadék miatt kevesebb a vízutánpótlás, emiatt kulcsfontosságú, hogy mennyi vizet tározunk és tartunk vissza akkor, amikor sok a csapadék és a folyókon magas a vízállás.